中医药研究院设13个内设机构:

　　(一)办公室

　　承担全院文秘综合、文书档案、机要保密等工作;承担全院宣传统战、意识形态、网络安全管理等工作;承担全院法律事务、招投标管理、外事和生育保健服务工作;承担全院安全保卫、平安建设、基础建设、后勤保障等工作。

　　(二)组织人事部(机关党委)

　　承担全院党建、组织、干部工作;承担全院机构编制、人事管理、人才建设、劳动工资、社会保险、职工教育培训、职称评聘等工作;承担全院博士后管理工作;承担全院离退休人员管理服务工作。

　　(三)科研工作部

　　承担全院科技发展规划、科研与科技开发管理、重点学科与科研平台建设、学术交流工作;承担院研究生培养与管理工作;组织实施中医药科技成果转化工作。

　　(四)财务资产部

　　承担全院财务预决算、会计核算工作;承担全院财政资金、课题经费使用监管工作;承担全院资产监督管理工作;承担全院内部审计、内部控制、综合统计等工作。

　　(五)中医基础研究所(中医药发展战略研究中心)

　　承担中医基础理论、民族医药研究，继承和创新发展中医学理论体系;围绕中医药战略需求及重大科学问题开展研究，对中医医疗机构评价、管理开展研究，为全省中医药发展战略规划与政策制定提供智库咨询服务。

　　(六)中医药文献信息研究所(期刊社)

　　承担中医医史文献、马王堆医学、中医药文化研究;承担湖湘中医名家学术思想和临证经验传承研究;开展中医药文化科普宣传;提供中医药信息技术、大数据研究与查新检索服务;承担《湖南中医杂志》编辑工作。

　　(七)中医临床研究所

　　承担中医临床医学、中西医结合临床医学研究;开展整合医学、循证医学研究;承担中医治未病、中医保健、医养结合研究;承担中医康复医学、中医护理、中医药疫病防治研究;开展基于中医理论的中医诊疗器械研究。

　　(八)中医肿瘤研究所

　　承担中医、中西医结合肿瘤临床诊疗技术及其应用研究;开展肿瘤诊疗药物应用研究。

　　(九)中药临床药理研究所

　　承担中药新药临床试验研究;开展临床用药安全性、有效性研究;开展医疗机构中药制剂临床药理、毒理研究。

　　(十)药膳食疗研究所

　　开展药膳经典古方挖掘、药膳食疗工艺、药膳行业标准研究;开展药膳食疗新产品新技术应用研究。

　　(十一)中药创新药物研究所

　　承担中药新药创制、中药健康产品应用研究;承担中药饮片炮制、现代制剂技术、中药粉体技术研究;开展中药设备及其关键技术研究。

　　(十二)中药资源研究所

　　承担中药资源调查与利用研究;开展湖湘道地药材研究;开展中药材良种繁育、种植技术、野生抚育、仿生栽培、产地初加工研究;开展珍稀濒危中药材替代品研究;提供中药材种植养殖、中药鉴定、中药资源评估技术服务;开展中药资源综合开发利用研究。

　　(十三)医学实验动物中心

　　承担实验动物、生物制品研究;提供实验动物、动物实验室、仪器设备共享服务。

　　纪检监察机构按相关规定设置。

　　群团组织按章程设置。